Con el fin de responder a las diversas necesidades de tipo académico-administrativas que surgen a lo largo de la Universidad Autónoma de Nayarit, se han creado las secretarías, mismas que se encargan de  ser el soporte fundamental de los procesos que se ejecutan como institución educativa, sus funciones son administrativas y de gestión de  recursos, entre otras, las cuales ayudan a consolidar y fortalecer las diferentes actividades que realiza la Universidad.