La Secretaría General es la entidad de gobierno dentro de la Universidad Autónoma de Nayarit, encargada de establecer, implementar y vigilar las normas y políticas, que permitan el desarrollo de la institución con un alto nivel de calidad en todos sus procesos. 

Tiene sus funciones previstas en la Ley Orgánica de nuestra institución, teniendo como propósito fundamental contribuir al fortalecimiento institucional, vigilar el cumplimiento de la Legislación Universitaria, coadyuvar permanentemente con calidad en los fines, desarrollo y el objeto de la Institución.

Esta entidad se contempla dentro de la estructura de la universidad, como la segunda en importancia, está representada por un secretario particular, el cual puede ser nombrado y removido libremente por el rector, sus facultades y obligaciones están previstas en el artículo 23 de la Ley Orgánica, y por los artículos previstos en el Estatuto de Gobierno.

Además de las funciones conferidas por el artículo anteriormente señalado, el titular de la Secretaría General, fungirá como Secretario del Consejo General Universitario, lo anterior con fundamento en el artículo 14, numeral 2, inciso b, de la Ley Orgánica, así como las demás facultades y obligaciones conferidas en los reglamentos específicos de la Institución.