De acuerdo a lo señalado por el estatuto de gobierno de la Universidad Autónoma de Nayarit,  las funciones de la Secretaría de Investigación y Posgrado son:

• Coordinar, promover y evaluar el desarrollo general de las actividades de investigación y posgrado de la Universidad de acuerdo con el Rector.

• Proponer y ejecutar las políticas generales de investigación del personal académico y alumnos de la Universidad.

• Proponer lineamientos para la presentación y seguimiento de proyectos de investigación y de posgrado.

• Apoyar los procesos de auto evaluación institucional y evaluación externa.

• Promover y asesorar en la concertación de convenios de colaboración sobre programas de investigación (y posgrado) y de intercambio científico.

• Informar, anualmente y por escrito, al Rector y al Consejo General Universitario cuando le sea requerido, de las actividades a su cargo desarrolladas durante el año anterior; y

• Las demás que establezca la legislación universitaria.